Identificación de transcritos quiméricos en modelo de Síndrome de Rett: posibles dianas de intervención terapéutica

Abstract

El síndrome de Rett (RTT) es un trastorno neuronal, que se caracteriza por la pérdida del habla y de los movimientos intencionados de las manos. La causa principal de este síndrome es la mutación del gen de la proteína de unión a metil-CpG 2 (MECP2), cuya función principal está relacionada con la epigenética y la arquitectura de la cromatina, además de tener actividad como represor y activador de genes. Un elemento genético que tiene relación con MECP2 es Long interspersed nuclear elements-1 (LINE-1 o L1), que es un retrotransposón autónomo, y es conocido por su alta expresión y movilidad en el tejido cerebral y su movimiento de "cortar y pegar", que puede generar translocaciones, deleciones y duplicaciones en el genoma. Esto puede conducir a un aumento de la fusión de genes o de transcripciones quiméricas en los casos existentes de este síndrome. En este trabajo se utilizaron bases de datos de libre acceso, principalmente el European Nucleotide Archive, para obtener un total de 100 muestras de RNA-seq de tejido cerebral, de las cuales 50 eran muestras Mus musculus MECP2-KO y otras 50 muestras de silvestres. Éstas se analizaron mediante 2 herramientas computacionales, las cuales fueron STAR-Fusion y ARRIBA, para la detección de transcritos quiméricos, que utilizaron los informes obtenidos de las herramientas para luego filtrar los datos y ver si hay diferencias en el número de transcritos de las muestras MECP2-KO y las muestras silvestres. Los resultados obtenidos a través del análisis muestran que existe un aumento de transcritos quiméricos en las muestras MECP2-KO frente a las muestras silvestres, lo que podría significar que debido al aumento de la expresión de L1 por la deficiencia de MECP2, este retrotransposón provoca un aumento de saltos generando un aumento de transcritos quiméricos en las muestras con síndrome RETT.

El síndrome de Rett (RTT) es un trastorno neuronal, que se caracteriza por la pérdida del habla y de los movimientos intencionados de las manos. La causa principal de este síndrome es la mutación del gen de la proteína de unión a metil-CpG 2 (MECP2), cuya función principal está relacionada con la epigenética y la arquitectura de la cromatina, además de tener actividad como represor y activador de genes. Un elemento genético que tiene relación con MECP2 es Long interspersed nuclear elements-1 (LINE-1 o L1), que es un retrotransposón autónomo, y es conocido por su alta expresión y movilidad en el tejido cerebral y su movimiento de "cortar y pegar", que puede generar translocaciones, deleciones y duplicaciones en el genoma. Esto puede conducir a un aumento de la fusión de genes o de transcripciones quiméricas en los casos existentes de este síndrome. En este trabajo se utilizaron bases de datos de libre acceso, principalmente el European Nucleotide Archive, para obtener un total de 100 muestras de RNA-seq de tejido cerebral, de las cuales 50 eran muestras Mus musculus MECP2-KO y otras 50 muestras de silvestres. Éstas se analizaron mediante 2 herramientas computacionales, las cuales fueron STAR-Fusion y ARRIBA, para la detección de transcritos quiméricos, que utilizaron los informes obtenidos de las herramientas para luego filtrar los datos y ver si hay diferencias en el número de transcritos de las muestras MECP2-KO y las muestras silvestres. Los resultados obtenidos a través del análisis muestran que existe un aumento de transcritos quiméricos en las muestras MECP2-KO frente a las muestras silvestres, lo que podría significar que debido al aumento de la expresión de L1 por la deficiencia de MECP2, este retrotransposón provoca un aumento de saltos generando un aumento de transcritos quiméricos en las muestras con síndrome RETT.