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    El Repositorio Institucional de la Universidad Mayor, tiene como objetivo publicar, en formato digital, todos los objetos derivados de su producción científica, académica, cultural y artística. En palabras simples es una vitrina que pone en valor su patrimonio documental.


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    All of DSpaceCommunities & CollectionsBy Issue DateAuthorsTitlesSubjectsThis CollectionBy Issue DateAuthorsTitlesSubjects

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    High quality RNA extraction from Maqui berry for its application in next-generation sequencing

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    Date
    2016
    Author

    Villacreses, Javier [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

    Blanc, Noelle [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

    Espinoza, Loreto [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

    Martínez, Camila [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

    Pastor, Gabriela [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

    Manque, Patricio [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

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    Sánchez, Carolina [Chile. Universidad Mayor. Centro de Genómica y Bioinformática]

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    Abstract
    Maqui berry (Aristotelia chilensis) is a native Chilean species that produces berries that are exceptionally rich in anthocyanins and natural antioxidants. These natural compounds provide an array of health benefits for humans, making them very desirable in a fruit. At the same time, these substances also interfere with nucleic acid preparations, making RNA extraction from Maqui berry a major challenge. Our group established a method for RNA extraction of Maqui berry with a high quality RNA (good purity, good integrity and higher yield). This procedure is based on the adapted CTAB method using high concentrations of PVP (4 %) and β-mercaptoethanol (4 %) and spermidine in the extraction buffer. These reagents help to remove contaminants such as polysaccharides, proteins, phenols and also prevent the oxidation of phenolic compounds. The high quality of RNA isolated through this method allowed its uses with success in molecular applications for this endemic Chilean fruit, such as differential expression analysis of RNA-Seq data using next generation sequencing (NGS). Furthermore, we consider that our method could potentially be used for other plant species with extremely high levels of antioxidants and anthocyanins.
    URI
    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4970997/pdf/40064_2016_Article_2906.pdf
    https://springerplus.springeropen.com/track/pdf/10.1186/s40064-016-2906-x
    https://doi.org/10.1186/s40064-016-2906-x
    http://repositorio.umayor.cl/xmlui/handle/sibum/2623
    Collections
    • Artículos WOS
    • Centro de Investigación en Genómica y Bioinformática (CGB)

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